Bio-Linux a été présenté et détaillé dans un article de Nature Biotechnology en juillet 2006. La distribution était un effort collectif du Natural Environment Research Council au Royaume-Uni. Comme le soulignent les créateurs et les auteurs, les exigences d'analyse de la science "-omique" à haut débit (génomique, protéomique, métabolomique) ont nécessité le développement de solutions informatiques intégrées pour analyser les montagnes de données expérimentales qui en résultent.
De ce besoin, Bio-Linux est né. La distribution, selon ses créateurs, sert de "plate-forme de station de travail bioinformatique gratuite qui peut être installée sur n'importe quoi, d'un ordinateur portable à un grand serveur". La version de distribution actuelle, Bio-Linux 8, est construite sur une base Ubuntu 14.04 LTS. Ainsi, l'aspect général de Bio-Linux est similaire à celui d'Ubuntu.
Dans mon propre travail en tant qu'immunologiste de recherche, je peux attester à la fois de la nécessité et du succès de l'approche logicielle intégrée dans la conception et le développement de Bio-Linux. Bio-Linux fonctionne comme une véritable solution clé en main pour répondre aux exigences de pipeline de données de la science moderne. Comme le mentionne le site Web, Bio-Linux comprend plus de 250 progiciels préinstallés, dont beaucoup sont spécifiques aux exigences de l'analyse de données bioinformatiques.
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La puissance de cette approche devient immédiatement évidente lorsque vous essayez de dupliquer le processus d'installation du logiciel sous un autre système d'exploitation. L'intégration de tous les composants logiciels et l'installation de toutes les dépendances requises prennent énormément de temps et, dans certains cas, ne sont même pas possibles en dehors du système d'exploitation Linux. La distribution Bio-Linux fournit un environnement portable, stable et intégré avec un logiciel préinstallé suffisant pour commencer une vaste gamme de tâches d'analyse bioinformatique.
À présent, vous vous dites probablement :"Je suis vendu, comment puis-je obtenir cette incroyable distribution ?"
Je suis content que vous ayez demandé. Je commencerai par dire qu'il existe une excellente documentation sur le site Web de Bio-Linux. Cette documentation couvre à la fois les instructions d'installation et un aperçu très complet de l'utilisation de la distribution.
La distribution peut être installée et exécutée localement, exécutée sur un CD/DVD ou une clé USB, installée sur un serveur ou exécutée à partir d'un environnement de machine virtuelle. Pour commencer le processus d'installation pour une installation locale, téléchargez l'image disque ou l'ISO de la distribution Bio-Linux. L'image disque est un fichier de 3,3 Go et, selon la vitesse de téléchargement de votre connexion Internet, cela peut être le bon moment pour prendre une tasse de café ou faire une bonne sieste.
Une fois l'ISO téléchargée, les développeurs de Bio-Linux recommandent d'utiliser UNetBootin, un progiciel multiplateforme disponible gratuitement utilisé pour créer des clés USB amorçables. Un lien est fourni pour UNetBootin sur le site Web de Bio-Linux. Je peux attester de l'efficacité d'UNetBootin sur les systèmes d'exploitation Mac et Linux.
Sur les systèmes d'exploitation de la famille Unix (Mac OS et Linux), il est également possible de créer une clé USB amorçable à partir de la ligne de commande en utilisant le dd commande :
[sudo umount "emplacement USB"
sudo dd bs=4M if=”emplacement ISO” of =”emplacement USB” conv=fdatasync]
Quelle que soit la méthode que vous utilisez, cela pourrait être un autre bon moment pour une pause-café.
À ce stade de mon installation, UNetBootin semblait se figer au niveau du squashfs transfert de fichiers lors de la création d'une clé USB amorçable. Cependant, une vérification rapide de l'application des disques Ubuntu a confirmé que le fichier était toujours en cours d'écriture sur la clé USB. En d'autres termes, soyez patient :la création de la clé USB amorçable prend un certain temps.
Une fois que vous avez pris votre café et que vous avez une clé USB finie en main, vous êtes prêt à utiliser Bio-Linux. Comme le souligne le site Web Bio-Linux, si vous essayez d'utiliser une clé USB amorçable avec un ordinateur Mac (en particulier les versions matérielles les plus récentes), vous ne pourrez peut-être pas démarrer à partir de la clé USB. Il existe des solutions de contournement, mais elles impliquent la configuration du système pour un double démarrage. De même, sur les machines Windows, il peut être nécessaire d'apporter des modifications à l'ordre de démarrage et éventuellement aux paramètres de démarrage sécurisé de la machine à partir du BIOS.
À partir de ce moment, la façon dont vous utilisez la distribution dépend de vous. Vous pouvez exécuter la distribution depuis l'USB pour la tester. Vous pouvez installer la distribution sur votre ordinateur. Vous pouvez même suivre les instructions sur le site Web Bio-Linux pour créer une instance VM de la distribution ou l'exécuter sur un serveur. Quelle que soit la façon dont vous l'utilisez, vous disposez d'un poste de travail d'analyse de données bioinformatiques de grande puissance.
Peut-être avez-vous un besoin professionnel pour un tel poste de travail, mais même si vous n'utilisez jamais Bio-Linux en tant que chercheur professionnel, cela pourrait constituer une excellente ressource pour les professionnels de l'enseignement de la biologie à tous les niveaux pour initier les étudiants aux principes de la bioinformatique moderne. Pour le prix d'un ordinateur portable et d'une clé USB, chaque école peut disposer d'une ressource pédagogique in silico pour compléter les cours en classe à l'ère des "-omiques". Vos seules limites sont votre créativité et les performances de votre matériel.
En savoir plus sur Linux
En tant que système d'exploitation open source bénéficiant d'un solide support communautaire, le noyau Linux partage bon nombre des points forts communs à d'autres efforts réussis de logiciels open source. Linux a tendance à être à la fois stable et adaptable à la personnalisation. Il est également assez indépendant du matériel, capable de fonctionner avec d'autres systèmes d'exploitation sur un large éventail de configurations matérielles. En fait, l'installation de Linux est une méthode courante pour retrouver la convivialité d'un matériel obsolète incapable d'exécuter d'autres systèmes d'exploitation modernes. Linux est également hautement portable et peut être exécuté à partir de n'importe quel périphérique de stockage externe amorçable, tel qu'une clé USB, sans qu'il soit nécessaire d'installer le système d'exploitation de manière permanente.
C'est cette combinaison de stabilité, de personnalisation et de portabilité qui m'a initialement attiré vers Linux. Chaque variante du système d'exploitation Linux est appelée distribution (ou distribution ), et il semble qu'il existe une distribution Linux pour chaque scénario ou désir informatique imaginable. Les options peuvent en fait être plutôt intimidantes, et je soupçonne qu'elles peuvent souvent décourager les gens d'essayer Linux.
« Combien de distributions différentes peut-il y avoir ? » vous pourriez vous demander. Si vous avez quelques minutes, voire quelques heures, jetez un œil à DistroWatch.com. Comme son nom l'indique, ce site est consacré au catalogage de tout ce qui concerne la distribution Linux. Pour les apprenants visuels, il existe un incroyable arbre généalogique Linux qui le met vraiment en perspective.
Alors que des livres entiers sont consacrés au sujet des distributions Linux, les différences dépendent souvent du logiciel inclus dans l'installation de base, de la manière dont le logiciel est géré et des différences graphiques affectant l'aspect et la convivialité de la distribution. Certes, il existe également des subtilités de compatibilité matérielle, de vitesse et de stabilité.