featureCounts est un programme de résumé de lecture très efficace et précis.
La syntaxe générale de la commande est :
featureCounts [options] -a [annotation_file] -o [output_file] input_file1 [input_file2]
Si vous rencontrez l'erreur ci-dessous :
featureCounts: command not found
Vous devrez peut-être installer le package de sous-lecture en fonction de votre choix de système d'exploitation :
| Répartition | Commande |
|---|---|
| Debian | apt-get install subread |
| Ubuntu | apt-get install subread |
| Kali Linux | apt-get install subread |
| Raspbian | apt-get install subread |
Le package Subread comprend une suite de logiciels pour le traitement des données de lecture de séquençage de nouvelle génération, notamment :
- Sous-lecture :un aligneur de lecture à usage général qui peut aligner à la fois les lectures génomiques ADN-seq et ARN-seq. Il peut également être utilisé pour découvrir des mutations génomiques, y compris des indels courts et des variantes structurelles.
- Subjonc :un aligneur de lecture développé pour aligner les lectures RNA-seq et pour la détection des jonctions exon-exon. Les événements de fusion de gènes peuvent également être détectés.
- nombre de fonctionnalités :un logiciel développé pour compter les lectures de caractéristiques génomiques telles que les gènes, les exons, les promoteurs et les bacs génomiques.
- Sous-longue : un aligneur à lecture longue conçu sur la base de la graine et du vote.
- SNP exact :un appelant SNP qui découvre les SNP en testant les signaux par rapport aux bruits de fond locaux.